Fakulta veterinární hygieny a ekologie vznikla 4. července 1990 současně s Fakultou veterinárního lékařství.
Posláním Fakulty veterinární hygieny a ekologie Veterinární a farmaceutické univerzity Brno je realizovat univerzitní vzdělávání, tvůrčí a odbornou činnost v oblasti veterinární hygieny a ekologie, ochrany zvířat a welfare, bezpečnosti a kvality potravin a veterinárních aspektů gastronomie, a dále naplňovat roli společenského působení univerzity a uskutečňovat další činnosti naplňující poslání Fakulty veterinární hygieny a ekologie VETUNI Brno jako akademické instituce.
Strategickým cílem Fakulty veterinární hygieny a ekologie Veterinární a farmaceutické univerzity Brno je rozvíjet její postavení mezinárodně uznané univerzitní instituce se specificky orientovaným odborným zaměřením na veterinární hygienu a ekologii, ochranu zvířat a welfare, bezpečnost a kvalitu potravin a veterinární aspekty gastronomie, poskytující velmi kvalitní vzdělávání, realizující excelentní vědu, výzkum a další tvůrčí činnosti a uskutečňující na nejvyšší úrovni profesní odborné činnosti, naplňující roli společenského působení fakulty a působící jako mezinárodně otevřená fakulta a jako fakulta spolupracující s odbornou praxí, prosazující se v národním i evropském vysokoškolském prostoru, disponující akademickým prostředím a hodnotami, využívající znalostní kvalifikované řízení a efektivní financování a modernizující své stavební, technologické a přístrojové zázemí na úroveň odpovídající současným požadavkům na obdobné univerzitní instituce ve vyspělých zemích.
Z národního i mezinárodního pohledu má fakulta excelentní postavení. Je jednou ze dvou fakult, poskytujících veterinární vzdělávání v České republice a svojí současnou úrovní vzdělávání, vědy a výzkumu a poskytování odborných veterinárních činností, svým postavením ve veterinární komunitě i tradicí je mimořádnou institucí v rámci českého i mezinárodního vysokoškolského systému především v rámci veterinárního vzdělávání.