Slavnostně jsou noví uchazeči přijímáni do akademické obce při imatrikulaci, při níž skládají slib studenta univerzity.
Výuka na univerzitě je organizována na principu kreditního systém (ECTS - European Credit Transfer System). Uskutečňuje se formou přednášek, seminářů, praktických cvičení, laboratorních cvičení, formou výuky na klinikách, v masné, rybí a mlékařské dílně, ve specializovaných laboratořích, dále formou praktické výuky na školním zemědělském statku, v podnicích a v praxi, formou stáží na ústavech a klinikách univerzity a formou stáží u veterinárních lékařů, u veterinárních organizací, v lékárnách a dalších institucích, umožňujících získání praktické dovednosti studentů ve studovaných oborech. Důraz je kladen na praktickou výuku vedoucí k získání profesních dovedností studentů využitelných k provozování profese od prvého dne po absolvování studijního programu. K výuce jsou využívány tradiční výukové postupy, výuka je podporována multimediálními prostředky zejména při přednáškách a seminární výuce, při praktické výuce jsou však zachovávány potřebné tradiční přístupy konkrétní práce v laboratořích, práce s biologickým materiálem, práce se zvířaty, práce v pitevnách, práce v ordinacích a veterinární činnost ve veterinární praxi.
Studium je slavnostně zakončeno promocí absolventů. Tradiční akademický obřad slavnostních promocí se koná v aule univerzity za přítomnosti akademických funkcionářů univerzity i fakult a rodinných příslušníků. Absolventi při promoci skládají slavnostní slib a je jim předán diplom o získaném vzdělání a akademickém titulu a dvojjazyčný dodatek k diplomu osvědčující průběh studia podporující uplatnění absolventů v zahraničí, Diploma Supplement.
Na Fakultě veterinárního lékařství probíhá výuka v rámci magisterského studijního programu Veterinární lékařství vyučovaného v českém i anglickém jazyce. Forma studia je prezenční. Standardní doba studia je 6 let.
Studium zahrnuje předměty skupiny základních oborů zejména biologii a chemii, skupiny oborů chovu zvířat, zejména výživy zvířat, zootechniky, zoohygieny, ochrany zvířat a welfare, skupiny preklinických oborů, zejména anatomii, histologii a embryologii, fyziologii, patologickou anatomii, patologickou fyziologii, mikrobiologii, imunologii, parazitologii, genetiku, farmakologii, toxikologii a epizootologii, skupinu klinických oborů, zejména choroby psů, koček, koní, skotu a malých přežvýkavců, prasat, drůbeže, ryb, včel a exotických zvířat, infekčních chorob, a soudní a veřejnou veterinární medicínu, dále pak skupinu předmětů hygieny potravin a předmětů profesního vzdělávání. Studium zahrnuje celé spektrum veterinární medicíny, je však výrazně orientováno na diagnostiku, terapii a prevenci chorob různých druhů zvířat. Studium je zakončováno státní rigorózní zkouškou, která se skládá z dílčích zkoušek z několika klinických předmětů podle volby studenta a případně odborné práce a dále dílčí zkoušky z nákaz zvířat a legislativy a dílčí zkoušky z hygieny potravin. Absolventům se uděluje titul „doktor veterinární medicíny“ (ve zkratce „MVDr.“ uváděné před jménem). Absolventi Fakulty veterinárního lékařství tradičně nachází uplatnění zejména v soukromé veterinární praxi. V České republice je soukromá veterinární praxe podnikáním vykonávaným podle zvláštních předpisů, a tím počet míst v praxi není limitován zaměstnatelností v podnicích nebo státní správě, ale poptávkou občanů a podniků po veterinární diagnostické, léčebné a preventivní činnosti, která zejména v malé veterinární praxi (nemoci psů, koček a dalších malých zvířat) je vysoká.
Bakalářské studium se na FVHE VETUNI uskutečňuje v rámci profesního bakalářského studijního programu Veterinární ochrana veřejného zdraví a tří akademických bakalářských studijních programů Bezpečnost a kvalita potravin, Ochrana zvířat a welfare a Zdraví živočichů a ochrana životního prostředí, resp. v anglickém programu Animal Protection and Welfare. Standardní doba studia je 3 roky, forma studia je prezenční. Studium je zakončeno státní závěrečnou zkouškou a obhajobou bakalářské práce. Absolventům je udělen titul „bakalář“ (ve zkratce „Bc.“ uváděné před jménem).
Navazující magisterské studium se uskutečňuje v rámci navazujícího magisterského studijního programu Bezpečnost a kvalita potravin a Ochrana zvířat a welfare. Standardní doba studia je 2 roky, které navazují na tříleté bakalářské studium. Forma studia je prezenční. Studium je zakončeno státní závěrečnou zkouškou a obhajobou diplomové práce. Absolventům je udělen titul „magistr“ (ve zkratce „Mgr.“ uváděné před jménem).
Magisterské studium se uskutečňuje v rámci magisterského studijního programu Veterinární hygiena a ekologie v českém i anglickém jazyce (Veterinary Hygiene and Ecology). Standardní doba studia je 6 let. Forma studia je prezenční. Studium zahrnuje celé spektrum veterinární medicíny, je však výrazně orientováno na veterinární medicínu potravinových zvířat, zejména skotu, prasat a drůbeže, na produkci potravin živočišného původu, hygienickou a zdravotní nezávadnost potravin a na dozor nad nezávadností těchto potravin. Studium je zakončováno státní rigorózní zkouškou. Absolventům je udělen titul „doktor veterinární medicíny“ (ve zkratce „MVDr.“ uváděné před jménem). Uplatnění absolventi nacházejí např. v orgánech státní veterinární správy při veterinárním dozoru a kontrole potravin živočišného původu, ve veterinární praxi, v diagnostických laboratořích a také v potravinářských podnicích.